晴朗时节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博士（绪方贤一配音）、服部平次（堀川亮配音）以及远山和叶（宫村优子配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
主演：兴津和幸,泽城美雪,花泽香菜,大塚明夫,津田健次郎,小村哲生,福岛润,石井康嗣,岩崎谅太,三野雄大,高桥耕次郎,水内清光,大西健晴,朝比奈拓见,一条和矢,梶裕贵
主演：铃木实里,寺崎裕香,青山吉能,八代拓,大谷育江,林原惠美,山下大辉,浪川大辅,本渡枫,喜多村英梨,佐仓绫音,三宅健太,真堂圭,塾一久,田边幸辅,志田有彩,堀江瞬,古川慎
主演：田中真弓,冈村明美,中井和哉,山口胜平,平田广明,大谷育江,山口由里子,矢尾一树,长岛雄一,池田秀一,古川登志夫,古谷彻,大塚周夫,津嘉山正种,草尾毅,大场真人,宝龟克寿,园部启一,柴田秀胜,中博史,阪口大助,竹内顺子,千叶繁,三石琴乃,挂川裕彦,堀秀行,田中秀幸,大友龙三郎,有本钦隆,大塚明夫,玄田哲章,小山茉美,土井美加,野田顺子,渡边美佐,野上尤加奈,林原惠美,水树奈奈,园崎未惠,西原久美子,久川绫,泽城美雪,池泽春菜,斋藤千和,神谷浩史,浪川大辅,森久保祥太郎,石田彰,高木涉,桧山修之,子安武人,
主演：杰西·艾森伯格,米娅·华希科沃斯卡,莎莉·霍金斯,克里斯·奥多德,克雷格·罗伯兹,诺亚·泰勒,嘉玛·陈,华莱士·肖恩,帕迪·康斯戴恩,凯西·莫拉蒂,詹姆斯·福克斯,拉德·舍博德兹加,亚丝明·佩奇,娜塔莉·考克斯,克里斯多夫·莫利斯
主演：孙维民,何伟,储智博,牛犇,郝岩,柏青
主演：莫哈恩拉,米娜,阿莎·莎拉特,安西芭,艾丝特·阿妮尔,Baiju V.K.,卡拉巴万·沙约翰,Siddique,Roshan Basheer,尼拉吉·马达夫,Pradeep Chandran,Kalabhavan Haneef,Irshad,Koottickal Jayachandran,Kunchan,纳拉南·奈尔
